Der har i forbindelse med etableringen af nummerstrukturen været to problemstillinger, som ofte har gået igen. Problemstillingerne vedrører henholdsvis indplaceringen af virksomheder, der udfører arbejde for andre virksomheder og spørgsmålet om indplacering af selvejende institutioner samt opdeling af hver regnskabsførende institution på bogføringskredsniveau. 

Arbejde der udføres af andre
Udgangspunktet for nummerstrukturen er, at Folketinget giver en bevilling på en hovedkonto. En hovedkonto knyttes til én og kun en virksomhed, som er ansvarlig for udførelsen af den opgave, som hovedkontoen er et udtryk for. En virksomhed udfører ikke selv en opgave, men sørger for, at opgaven udføres af en eller flere regnskabsførende institutioner under virksomheden.

Undtagelse 1 – opgaven udføres ikke af virksomheden selv
Der vil kunne forekomme en situation, hvor det ikke er hensigtsmæssigt, at opgaven udføres af en af virksomhedens egne regnskabsførende institutioner.

I disse tilfælde skal virksomheden (Virksomhed 1) indgå en aftale med en anden virksomhed (Virksomhed 2) om, at denne anden virksomhed udfører opgaven.

I nummerstrukturen oprettes en særlig regnskabsførende institution, der ansvarsmæssigt knyttes til virksomhed 1 - men i udførelsesmæssig sammenhæng knyttes til virksomhed 2.

Undtagelse 2 – Bogholderi mv. udføres af andre
Bogholderi mv., dvs. regnskabsmæssige registrering og betalinger.

Som udgangspunkt er det den regnskabsførende institution, der selv varetager bogholderiet.

Der vil kunne forekomme en situation, hvor det ikke er hensigtsmæssigt, at den regnskabsførende institution selv varetager bogholderiet.

I disse tilfælde skal den regnskabsførende institution (Regn.ins.1) indgå en aftale med en anden regnskabsførende institution (Regn.ins.2) om, at denne anden regnskabsførende institution udfører opgaven. Bogholderiopgaven vil også kunne udliciteres til en privat virksomhed.

I nummerstrukturen opretter den regnskabsførende institution (Regn.ins.1) i sit eget regnskab er særlig bogføringskreds til brug for regn.ins.2. Denne særlige bogføringskreds oprettes, for at adskille de bogholderimæssige aktiviteter i regn.ins.1. Den særlige bogføringskreds finansieres af regn.ins.1.

En nærmere gennemgang af konsekvenserne i forbindelse med arbejde udført af andre findes i beskrivelsen: "Opgaver der udføres af andre".

Selvejende institutioner – Private
Nummerstrukturen er i princippet en struktur for statsinstitutioner.

Såfremt en ikke-statslige institution som fx en selvejende institution benytter et eller flere af Økonomistyrelsens edb-systemer, skal institutionen tildeles et nummer i nummerstrukturen, for at edb-systemerne kan kommunikere med hinanden.

En ikke-statslig institution som fører sit regnskab i fx NavisionStat vil blive oprettet som en regnskabsførende institution. (Virksomhedsbegrebet er et specifikt statsligt begreb – hvorfor institutionen vil få et dummyvirksomhedsnummer).

En ikke-statslig institution, som ikke fører sit regnskab i fx NavisionStat, men fx bruger SCL-systemet, vil blive oprettet i nummerstrukturen efter nærmere aftale.

Opdeling af regnskabsførende institution på Bogføringskreds
Forskellen mellem omkostningsprincipper og udgiftsprincipper medfører at der skal foretages en klar opdeling mellem de to principper på bogføringskredsniveau.

Overordnet er det bevillingstypen og dermed finansieringen, der er afgørende for hvorvidt der skal foretages en opdeling.

Er institutionen finansieret af bevillingstyper, som er omfattet af omkostningsreformen, skal disse bevillinger regnskabsføres i adskilte bogføringskredse i forhold til institutionens øvrige bevillinger.
 
Denne opdeling betyder, at bevillinger, der på finansloven er opført som driftsbevillinger og statsvirksomhedsbevillinger skal ligge i andre bogføringskredse end dem, der er opført som anden bevilling, reservationsbevillinger, lovbundne bevillinger eller opretholdte anlægsbevillinger.
 
En nærmere beskrivelse findes i vejledning om nummerstruktur. 

Lukning af delregnskab eller bogføringskreds
Processen i forbindelse med lukning af et delregnskab eller bogføringskreds er omfattende, og der kan være mange problemstillinger knyttet hertil.
 
For at gøre denne proces mere overskuelig er der udarbejdet en vejledning med henblik på at guide brugeren igennem de forskellige trin, der skal gennemføres ved lukning af et delregnskab eller bogføringskreds.
 
Vejledningen kan bruges som guide fra start til slut i processen, men kan også anvendes som opslagsværk, såfremt brugeren kun har enkelte problemer, der er knyttet til en lille del af vejledningen.
 
Vejledningen findes her